医疗体系在自闭儿鉴定的实施中没有一致的流程与规范，但是教育体系由学校内辅导室负责统整特殊儿童的发现、筛选，以及各县市政府‘特殊学生鉴定、安置及就学辅导委员会’（简称鉴辅会）统筹整体鉴定、安置等相关事项，因此，鉴定流程包括发现、筛选及鉴定三阶段：

　 ‘发现阶段’中，由于自闭儿的症状常于婴幼儿期就出现，***晚也在三岁以前出现。父母或其他主要照顾者透过平时互动与观察，由孩子与同侪比较中发现口语或非口语沟通的迟缓、视线接触少、情感理解与表达、行为模式及兴趣缺乏变化等现象，则可到教学医院接受鉴定，或年龄三岁以上时，向学校鉴定小组提出鉴定的申请。

　 ‘筛选阶段’主要在过滤疑似自闭儿的个案，以便进行进一步的鉴定工作。可由医生或学校鉴定小组实施简易的筛选工作，如‘克氏行为量表’、‘自闭症儿童筛选量表’等工具筛选出疑似个案，而后进一步到医院接受鉴定、或透过学校向县市鉴辅会提出申请。

　 ‘鉴定阶段’中，已鉴定或领有自闭症手册的孩子不需再接受鉴定，而是评估能力现况；未鉴定或领有非自闭症手册而有疑义的孩子，鉴辅会应安排适当的心理评量教师进行评量或安排至适当的医院鉴定，以确认是否为自闭儿。